Adanya Perpres 32/ 2014 tentang Pengelolaan dan Pemanfaatan Dana Kapitasi di FKTP milik Pemda belum sepenuhnya mengatasi kebingungan FKTP, terutama terkait dengan pengelolaan sisa lebih dana kapitasi. Menurut KPK (2015), belum adanya regulasi yang mengatur mekanisme pengelolaan sisa lebih dana kapitasi menjadi salah satu aspek kelemahan dalam penyelenggaraan program JKN di FKTP milik pemerintah. Kehadiran Permenkes 21/ 2016 mulai memberikan penjelasan mengenai pengelolaan sisa lebih dana kapitasi. Jenis ketenagaan baik tenaga kesehatan dan tenaga non kesehatan juga mulai lebih rinci serta mulai mempertimbangkan tunjangan, kebutuhan obat, alkes. dan kegiatan operasional lainnya. Oleh karena itu, penting untuk memahami dan menyikapi kebijakan baru dalam perbaikan penyelenggaran JKN ke depannya.