Permasalahan klaim dalam era JKN ini masih banyak ditemukan di rumah sakit sebagai Fasilitas Kesehatan Rujukan Tingkat Lanjutan (FKRTL) dengan sistem paket INACBG. Seperti salah satu studi yang dilakukan oleh Nurdiah and Iman (2016) ditemukan bahwa terdapat selisih antara kunjungan pasien BPJS rawat inap dengan jumlah yang diklaimkan, sehingga mengindikasikan bahwa terdapat kunjungan pasien yang tidak diklaimkan oleh BPJS. Tentunya ini disebabkan oleh banyak faktor seperti kedisiplinan dan pengetahuan petugas, infrastruktur yang tidak mendukung, SOP belum tersedia, hingga monitoring berkas dan kelengkapan data penunjang yang belum tersedia. Menindaklanjuti permasalahan tersebut, maka Kementerian Kesehatan menerbitkan Surat Edaran Nomor HK.03.03/Menkes/518/2016 tentang Pedoman Penyelesaian Permasalahan Klaim INA-CBG dalam Penyelenggaraan Jaminan Kesehatan Nasional, surat edaran ini berdasarkan kesepakatan antara Kementerian Kesehatan, BPJS Kesehatan, dan Perhimpunan/Organisasi Profesi Dokter Spesialis terkait.
