Selama ini, dana kapitasi dari BPJS Kesehatan langsung disetorkan kepada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama (FKTP). Semua proses mulai dari perencanaan hingga pertanggungjawaban dana kapitasi pun dilakukan oleh FKTP bersangkutan. Untuk lebih menjaga keteraturan sistem pengelolaan keuangan dari Penerimaan Negara Bukan Pajak (dalam hal ini dari dana kapitasi) dibuatlah suatu aturan tata cara dalam pengelolaan keuangan dana kapitasi khususnya pada FKTP milik Pemerintah Pusat dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 88/PMK.02/2016. Dalam peraturan ini, dana kapitasi wajib disetor langsung secepatnya ke Kas Negara dan dikelola dalam sistem Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara. Baru kemudian satuan kerja Pengelola Dana Kapitasi dapat menggunakan dana kapitasi tersebut sesuai dengan kebutuhan. Namun, dana yang dikelola ini tidak termasuk Penerimaan Negara Bukan Pajak yang berasal dari sanksi administrasi berupa denda atas kekurangan dan/atau keterlambatan pembayaran Dana Kapitasi. Dengan kata lain, PNBP dari sanksi administrasi keterlambatan denda tersebut tidak dapat digunakan. Dalam peraturan ini pun, sistem penggunaan sisa lebih dana kapitasi, disebutkan dengan jelas bagaimana pemanfaatannya kembali. Penggunaan dana secara umum tidak dapat melebihi pagu aggaran yang sudah ditetapkan. Rencana Kerja dan Anggaran dari Dana Kapitasi ini akan disusun oleh kementerian negara/lembaga. Demi efektivitas dan efisiensi pengelolaan keuangan  dari PNBP Dana Kapitasi, apakah sistem ini dirasa cukup fleksibel bagi FKTP? Tentunya, penggunaan dana ini harus dapat memiliki kesesuaian dengan kebutuhan masyarakat dalam pelayanan kesehatan. Tidak mempersulit, namun diharapkan dapat mempermudah dan lebih mengakomodir segala kebutuhan yang sudah direncanakan ataupun tidak terduga.

Permenkeu No 88_PMK.02_2016  Tata Cara Pengelolaan PNBP Kapitasi pada FKTP Pemerintah