Alokasi anggaran yang dikelola oleh Kementerian Kesehatan di Tahun 2016 mengalami peningkatan dibandingkan dengan tahun sebelumnya yaitu sebesar 65,55 triliun dengan realisasi sebesar 57,01 triliun, sedangkan pada tahun 2015 alokasi anggaran sebesar 54,33 triliun dengan realisasi sebesar 48,85 triliun rupiah. Persentase anggaran Kementerian Kesehatan RI berdasarkan jenis belanja tahun 2016 alokasi anggaran terbesar diperuntukkan untuk belanja barang yaitu sebesar 41% sedangkan terendah untuk belanja modal sebesar 9%. Jika dilihat tren alokasi anggaran di bidang kesehatan dari tujuh tahun terakhir terus mengalami peningkatan tiap tahunnya, berbeda dengan pada data persentase realisasi anggaran yang mengalami penurunan dari tahun 2014 hingga 2016. Khusus untuk program Jaminan Kesehatan Nasional (JKN), alokasi anggaran kesehatan sebesar 25,5 trilyun dari 65,66 keseluruhan alokasi anggaran Kementerian Kesehatan atau sebesar 38,8% dari total dana yang diperuntukkan bagi Penerima Bantuan Iuran (PBI) dalam program JKN.
