Provinsi Aceh dan Maluku Utara pada tahun 2016 telah melakukan integrasi Jaminan Kesehatan Daerah (Jamkesda) ke dalam Jaminan Kesehatan Nasional (JKN). Di Provinsi Aceh, sebanyak 23 Kabupaten/Kota telah bergabung dalam sistem JKN. Sedangkan di Provinsi Maluku Utara terdapat 7 dari 10 Kabupaten/Kota yang Jamkesdanya telah berintegrasi ke dalam sistem JKN. Dalam hal pasca integrasi ini, sangat penting untuk melihat proses dan keberlangsungan dari integrasi agar menjadi pertimbangan perbaikan sistem JKN ke depan. Elemen yang menjadi fokus dalam integrasi Jamkesda ke JKN ini dapat meliputi regulasi, keberlangsungan pembiayaan, potensi sumber dana yang dapat berkontribusi, impelmentasi sistem JKN, serta paket manfaat (benefit package) yang didapatkan oleh pengguna JKN. Elemen-elemen ini sangat penting didalami guna mendukung dan memperkuat sistem JKN yang dilaksanakan di Provinsi Aceh dan Maluku Utara.

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberlangsungan JKN pasca integrasi Jamkesda (baik dari aspek kemampuan fiskal, kemampuan dan kemauan daerah, regulasi, pelayanan khususnya terhadap kesehatan ibu dan anak). Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dan kuantitatif. Dalam rancangan penelitian ini akan menggunakan studi kasus. Studi kasus dipilih karena metode ini dapat mempelajari satu unit kelompok tertentu untuk tujuan memahami kelompok yang lebih besar. Subjek penelitian adalah pemangku kepentingan yang terlibat dalam implementasi JKN di wilayah Provinsi Aceh dan Maluku Utara ,dengan unit analisis pada implementasi tingkat pemerintah Kabupaten/kota. Pemangku kepentingan yang terlibat adalah, pemerintah provinsi, pemerintah daerah, BPJS, para pemberi layanan kesehatan , dan pengguna jaminan. Daerah unit kajian yang terpilih adalah Kota Lhokseumawe untuk Provinsi Aceh dan Kota Tidore untuk Provinsi Maluku Utara.