Mutu pelayanan kesehatan tidak bisa terpisahkan dari pelaksanaan JKN, berbagai upaya untuk menegakkan prinsip kendali mutu dan kendali biaya dimana mengefisiensikan biaya tanpa mengesampingkan mutu di layanan kesehatan telah dilakukan, salah satu cara yaitu penerapan metode kapitasi berbasis pemenuhan komitmen pelayanan kesehatan, untuk itu Kementerian Kesehatan dan BPJS mengeluarkan Peraturan Bersama Sekretaris Jenderal Kementerian Kesehatan Republik Indonesia dan Direktur Utama Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Kesehatan Nomor HK.01.08/III/980/2017 Tahun 2017 Nomor 2 Tahun 2017 tentang Petunjuk Teknis Pelaksanaan Pembayaran Kapitasi Berbasis Pemenuhan Komitmen Pelayanan pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama, dimana aturan ini merupakan perbaharuan dari aturan sebelumnya yang diterbitkan pada tahun 2016. Dengan menetapkan beberapa indikator, diantaranya angka kontak, rasio rujukan non spesialistik, dan rasio peserta prolanis berkunjung di FKTP serta indikator tambahan bagi puskesmas yaitu rasio kunjungan rumah guna mencapai program Indonesia Sehat dengan pendekatan keluarga.
