Metode pembayaran pra upaya di FKTP dalam era JKN ini dimana pembayaran diberikan dimuka berdasarkan jumlah peserta terdaftar tanpa memperhitungkan jumlah dan jenis pelayanan yang diberikan tiap bulannya, sedikit banyaknya menimbulkan kebingungan bagi layanan kesehatan primer dalam pengelolaan dan pemanfaatan dana kapitasi. Studi deskriptif yang dilakukan oleh Pusat Kebijakan dan Manajemen Kesehatan (PKMK) UGM di 384 FKTP, 7 regional dan 20 kabupaten/kota yang dipilih secara acak diperoleh hasil bahwa meskipun jumlah kapitasi yang diperoleh FKTP mengalami peningkatan, namun tingginya utilisasi cenderung menurunkan kapitasi aktual di FKTP, sehingga dalam kasus ini peran pemda sangat menentukan dalam hal pembuatan pedoman penggunaan kapitasi yang sejalan dengan aturan dari pemerintah pusat yang nantinya akan berdampak pada efektivitas dan efisiensi layanan kesehatan primer.
